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微波食品杀菌设备主要运用微波对食品进行辐射进行杀菌，微波杀菌主要靠微波的生物效应和热效应。食品在微波的辐射下细胞膜断面的电位分布受到影响，造成细胞膜周围电子、离子浓度和细胞膜的通透性能改变 ，造成细胞营养不良，不能正常新陈代谢，细胞结构功能紊乱，生长发育受到抑制而死亡。
　　微波的热效应是菌体由于吸收微波能升温。使物料的水分子升温挥发，从而使细菌体内蛋白质同时受到无极性热运动和每秒钟24.5亿次震荡的作用，使其空间结构变化或破坏，而使蛋白质变性。蛋白质变性后就失去生物活性。
　　食品微波杀菌设备早是应用在农产品的深加工方面，包括食品的烘干、烘烤和杀菌处理，以便于食品运输和延长食品的保质期。微波杀菌设备杀菌温度一般控制在80度以内，属于低温杀菌设备，杀菌后对食品的口感、颜色和品质没有任何改变，杀菌质量大大提高。这种杀菌设备特别适用于要求低温杀菌的产品。
　　微波食品杀菌设备的应用范围很广，可对糕点、肉制品、果脯、豆制品、熟食、调味品、米粉、麦片、豆奶粉、卤菜、牛肉干、方便面、保健茶、土豆片、鱼片干、盐水鸭、海产品等杀菌处理。由于在杀菌过程中伴随有干燥效果，所以有时也用来当做食品干燥杀菌设备，也适用于对面包、糖、干果、茶叶、烟叶、粮食制品的脱水、干燥、杀菌防霉处理。按应用范围可分为用于散装粉装食品杀菌的粉状食品杀菌设备，用于包装熟食杀菌的真空包装熟食杀菌设备和用于其它包装产品杀菌的各种真空包装食品杀菌设备。
　　传统的食品消毒设备和消毒方法有很多种，有通过温度进行杀菌的巴氏杀菌和高温杀菌，也有通过红外、紫外或臭氧进行杀菌。微波杀菌属于低温杀菌，通过微波杀菌设备处理过的食品的保质期可延长3～8倍，并且是低温处理，不破坏食品原有的营养成份、色泽、口感和天然风味。 

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