生物塑料虽然有诸多优势和突出特点，但是由于此种生产技术属于刚刚起步阶段还存在很多需要解决的问题，影响他的发展好广泛推广，下面盘点一下生物塑料的生产弊端。
一、价格问题。生物塑料现阶段比普通塑料价格要高两三倍，阻碍了这类材料的迅速普及。一些日本企业在其产品中使用生物塑料，主要是为了树立企业的环保形象。不过，一旦生物塑料进入批量生产阶段，成本可大大下降。
二、生物塑料和生物燃料一样可能会与人争粮。生物燃料来源于玉米、小麦等粮食作物，会带动世界粮食价格上涨。以玉米等为原料的生物塑料也可能导致同样的问题。 目前，日本、美国等国的科学家已着手用废木材、野草等制造生物塑料。
三、生物塑料供应仍较有限。产品价格在一定程度上仍受石油价格的推动。
四、生物塑料的寿终管理问题。其重心是PLA瓶对再生流的污染问题。尽管当前的PLA水平还未构成严重的污染威胁，但大量的PLA瓶将有害于PET瓶的再生经济。
五、缺乏统一的生物塑料贴标方法。
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